十月，晋国的吕甥会见秦穆公，在王城缔结盟约。秦穆公向吕甥询问晋国的情况后给晋惠公换了住处，迁入接待外宾的馆舍，以诸侯之礼相待，用七牢的规格来宴飨他。
十一月，晋惠公回国。当年，晋国又发生了饥荒，秦穆公又送给他们粮食，并说：“我虽然怨恨晋惠公，却怜悯晋国的百姓。而且我听说当初晋国祖先唐叔受封的时候，箕子曾说： ‘晋国的后代必然强大起来’。晋国将来还是很有希望的吧！姑且对晋国树立一些恩德，以等待将来有能力的人出现。”这个时候，晋惠公献上晋国的河西之地（今陕西大荔、华县一带）给秦国，秦国开始在晋国的黄河东部征收赋税，并设置了官吏负责管理。
秦穆公十七年（前643年）夏季，晋惠公让太子圉到秦国为质。秦穆公把黄河东部的土地归还给晋国，并把宗女嫁给太子圉为妻。
秦穆公十九年（前641年），秦穆公灭掉梁国。
秦穆公二十二年（前638年），晋惠公患病，太子圉得知后说：“梁国是我母亲的家乡，秦国却灭了它。我兄弟众多，晋惠公百年后，秦国必定留住我，晋国也不会重视我，而改立晋惠公的其他公子。”并与妻子谋划一起逃回晋国。其妻不肯跟从，于是太子圉逃回晋国。次年（晋惠公十四年，前637年）九月，晋惠公去世，太子圉即位为君，史称“晋怀公”。秦穆公对晋怀公的逃离十分恼恨，就从楚国迎来晋国公子重耳，并把原来晋怀公的妻子嫁给公子重耳。公子重耳开始时谢绝，后来就接受了。秦穆公对公子重耳更加以礼厚待。
秦穆公二十四年（前636年）春季，秦穆公派人告诉晋国大臣，要送公子重耳回国，获得应允后派革车五百乘、畴骑二千、步卒五万护送公子重耳回到晋国。二月，公子重耳登位成为晋国君主，史称“晋文公”。晋文公派人杀了晋怀公。秋季，周襄王的弟弟王子带勾结翟人围攻周襄王，周襄王出居郑地。
秦穆公二十五年（前635年），周襄王派人向晋国、秦国通报发生祸乱的情况。春季，秦穆公领兵驻扎在黄河边上，准备护送天子回朝。晋文公听到狐偃的建议后让卜偃占卜。根据占卜结果，晋文公托辞让秦穆公退兵，自己则带兵顺黄河而下，护送周襄王回朝，并杀死王子带。秋季，秦穆公和晋文公出兵攻打鄀国，楚国的斗克、屈御寇率领申县、息县军队守卫商密（在今河南淅川一带）。秦军经过析邑（今河南内乡一带），将自己的士兵捆起来假装俘虏，包围了商密，黄昏时逼近城下。夜里掘地杀牲，把盟书放在上面，伪装成和斗克、屈御寇歃血盟誓的样子。商密人害怕了，说：“秦国人已占领析地了，戍守的斗克、屈御寇背叛了我们！”于是投降了秦军。秦军将申公斗克、息公屈御寇囚禁回国。
秦穆公二十八年（前632年）夏季四月初一日戊辰，秦国的小子憖和晋文公、宋成公、齐国的归父、崔夭率军驻扎在城濮（今山东濮县南）。初二日己已，同楚国军队交战，楚军大败。
秦穆公二十九年（前631年）夏季，秦穆公派小子憖和鲁僖公、王子虎、晋国的狐偃、宋国的公孙固、齐国的国归父、陈国的辕涛涂在翟泉（位于洛阳城内）会盟，重温了践土之盟，并谋划攻打郑国。
秦穆公三十年（前630年）九月十日甲午，秦穆公、晋文公出兵围攻郑国。晋军驻扎在函陵（在今河南新郑北），秦军则驻扎在汜水南面。在佚之狐的建议下，郑文公派烛之武对秦穆公陈述利害，说：“灭掉郑国，对于晋国而言是得到了好处，而对秦国却没有利益。晋国的强大，是秦国的忧患啊。”秦穆公听后和郑国人结了盟，派杞子、逢孙、扬孙留在郑国协助戍守，然后撤军回国。晋文公随之也撤军。
秦穆公三十二年（前628年）冬季，晋文公和郑文公去世。杞子从郑国派人告诉秦国，声称秘密派兵前去可以占领郑国的国都。秦穆公不顾蹇叔和百里奚的劝阻，执意发兵攻打郑国，召见百里奚的儿子孟明视、蹇叔的儿子西乞